Ancien élève de l'ENS Saint-Cloud, agrégé d'histoire et docteur ès lettres, Jean-Paul Cointet est professeur émérite des universités.
Ses travaux portent sur l'histoire du régime de Vichy, sur le gaullisme et sur l'histoire politique de l'Europe. Il a publié chez Perrin une biographie de Marcel Déat, ainsi que Paris 40-44, Sigmaringen et Expier Vichy : l'épuration en France.